Roślina jednopienna, wytwarza kwiaty męskie i kwiaty żeńskie na jednym osobniku.

Modrzew europejski jest rośliną jednopienną. Rozdzielnopłciowe wiatropylne kwiaty pojawiają się wiosną. Kwiaty są zebrane w kwiatostany: większe szyszeczkowate żeńskie purpurowoczerwone kwiaty, skierowane do góry oraz męskie okrągłe i jasnożółte, skierowane w dół. Kwiaty pojawiają się równocześnie z nowym pokoleniem igieł.

Szyszki modrzewia europejskiego dojrzewają jesienią. Są jajowate lub lekko wydłużone. Opadają po wysianiu się nasion. Nasionka jasnobrązowe opatrzone błoniastym skrzydełkiem.

Modrzew europejski (Larix decidua Mill.) należał przez wieki do najbardziej poszukiwanych przez człowieka gatunków drzew, ze względu na specyficzne właściwości drewna. Józef Gerald-Wyżycki w swoim Zielniku Ekonomiczno-Technicznym ułożonym dla gospodarzy i gospodyń, wydanym w Wilnie w 1845 roku opisywał modrzew europejski: „W wodzie i ziemi nabiera barwy czarnej i twardości prawie żelaznej, tak dalece, iż drzewo po 80-letnim leżeniu w wodzie wydobyte gdy chciano rozpiłować, zęby zwyczajnej piły łamały się bez skutku. Z tego względu przydatem jest do budowy statków… Tarcice i gonty z niego robione przetrwają wszelkie inne, żywica bowiem, którą są wskroś przejęte, występując powolnie rozlewa się na całej powierzchni, i równie od wpływu wilgoci, jako też toczenia robactwa je chroni. Jedną z jego zalet jest to, iż się nie paczy i nie pęka; z tego względu malowano na niem obrazy, co poświadczają dotąd przechowane niektóre obrazy Rafaela i innych sławnych malarzy w kościołach wyznania Greckiego. Dotąd większa część obrazów religijnych na tem maluje drewnie.”

Na terenie Nadleśnictwa Giżycko rosną dwa modrzewie europejskie uznane za pomniki przyrody w 2004 roku. Modrzewie: „Franciszek” i „Bolesław”, upamiętniają pracę tutejszych leśników: Franciszka Adamskiego nadleśniczego Nadleśnictwa Giżycko w latach 1973 - 1991 oraz Bolesława Korpaka zastępcę nadleśniczego Nadleśnictwa Giżycko w latach 1973 – 1984. Obydwa pomniki przyrody rosną na terenie kompleksu leśnego Uroczysko Las Miejski w Gajewie koło Giżycka. Wiek drzew szacowany jest na ponad 145 lat (wiek najstarszych polskich modrzewi to około 300 lat).